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Na trama, Jennifer Garner é Sydney Bristow, uma agente da CIA que foi recrutada para trabalhar num departamento secreto da agência de informações americana, a SD-6, quando ainda cursava a faculdade. Ela deveria manter segredo sobre o trabalho, mas contou o que fazia para o noivo, Danny, e ele acabou morto. Ao tentar saber como e porque isso aconteceu, ela descobre que trabalha para o inimigo que imaginava combater.