Baseada no romance homônimo de Stephen King, The Institute segue Luke Ellis (Joe Freeman), um adolescente superdotado que é sequestrado, após o assassinato de seus pais, e acorda em uma instalação secreta, chamada O Instituto. Lá, ele descobre outras crianças com habilidades especiais, como telecinese e telepatia, submetidas a experimentos cruéis sob o comando da fria Sra. Sigsby (Mary-Louise Parker, de Weeds). Enquanto Luke tenta desvendar os segredos do Instituto ao planejar a sua fuga, suas ações cruzam com a trajetória de Tim Jamieson (Ben Barnes, de Shadow and Bone), um ex-policial, assombrado pelo passado, que busca uma nova vida em uma cidade próxima. Mas, a paz e a quietude que ele buscava rapidamente se dissolvem quando o seu caminho parece predestinado a cruzar com o de Luke.