Em House of Ninjas, anos após sofrerem uma perda trágica, uma grande ameaça tira uma tradicional família de ninjas da aposentadoria. Na trama, a família Tawara era um dos únicos clãs a manter o legado dos ninjas no Japão, até que uma tragédia e o luto fizeram com que eles recorressem à anonimidade para se protegerem. Após anos afastados do Bureau of Ninja Management, utilizando uma cervejaria de saquê como fachada, eles são convocados para retornar à ativa e proteger o país de uma ameaça que pode causar muitas mortes inocentes.